图1评估TPT3:NAM碱基对的逆转录的实验流程示意图。带有非天然核苷酸rTPT3或rNAM的RNA对具有不同的逆转录酶进行逆转录。用不同的方法分析了逆转录的加工性(请参阅上图,逆时针):通过PAGE检测全长与截短的cDNA比率,通过LC-MS和Sanger测序检测LC-MS融合cDNA,使用switchSENSE®技术及模拟SELEX循环的动力学测量,以探索UB保留周期数。
特别的,在本研究中(见图2)利用switchSENSE®技术及heliX+设备对逆转录过程进行实时监测,使得MMLV和SSIV RT与RNA模板的结合和活性的动力学得以表征。
本研究通过在switchSENSE®芯片上构建检测体系,实现了对UBP掺入的动态量化测量。因此switchSENSE®是研究其他逆转录酶和聚合酶活性强有力的技术手段。
图2 switchSENSE®生物芯片上的MMLV和SS IV RT活性测定流程示意图。(A)芯片测试示意图。首先,配体通过杂交固定在单个链锚定(1)。随后,将RT与芯片核酸结合(2),然后注射dNTPS或DNTPS + dNaM TP以启动逆转录(3)。最后,芯片被再生(4)。(B)在存在或不存在不同模板的dNaM TP的情况下,每个MMLV和SS IV RT的相对振幅,包括其标准偏差(N≥3),这些偏差来自延伸幅度的荧光变化。将48-1XRTPT3、48-2XRTPT3和24-NT RNA的值标准化为48-NT未修饰的RNA。(C)在结合阶段,MMLV的荧光变化信号。(D)在不同dNTP浓度下逆转录(伸长)期间荧光变化的增加。(E)在底物浓度上绘制观察到的速率以获得催化速率图 Kcat。